MFJは中央組織・地方組織・会員組織の3つの組織から成り立っています。
企業やクラブとしてモーターサイクルスポーツを支援、協力してくださる方々もMFJの会員です。
全国的なスポーツ行政の方針決定は上記委員会組織で行います。
※中央専門委員会・部会は各支部で選出されたスポーツ部会代表者で構成され、地域の意見を中央のスポーツ行政に反映する構造になっています。
地域ごとにモーターサイクルスポーツを管理・運営・支援する組織として地方支部を設けています。
※各支部は、必要に応じて加盟団体（地域協会）を認可しています 。
